La Fondazione opera dal 1° Marzo 2007 e raccoglie l'eredità dell'Istituto Trentino di Cultura, nato da un'intuizione di Bruno Kessler, lungimirante amministratore locale e fondatore dell'Università di Trento.
Istituita con legge dalla Provincia autonoma di Trento, FBK è un soggetto privato a natura associativa e trae il suo più importante finanziamento dall'Accordo di Programma sottoscritto dalla Provincia autonoma di Trento.