La Fondazione Bruno Kessler persegue i propri scopi e finalità attraverso strutture organizzative che coincidono con Centri di ricerca e Servizi di supporto agli stessi. Gli scopi di ricerca sono inoltre perseguiti attraverso altre realtà collegate per mezzo dell'Accordo di Programma. La visione unitaria degli indirizzi e degli obiettivi istituzionali delle diverse realtà è garantita dal Segretario Generale.
I Centri di Ricerca e le realtà collegate svolgono attività di ricerca, di studio, di innovazione, di disseminazione e godono di autonomia organizzativa, economica e finanziaria. I Centri sono organizzati in Unità Operative di tre diverse tipologie:
Il Supporto alla ricerca è organizzato in Servizi ed altre Unità Operative orientate all'innovazione costante e alla cura continuativa del patrimonio fondamentale della Fondazione: le persone.
A ciascuna articolazione o struttura organizzativa della ricerca è preposto un Direttore o un Responsabile mentre a capo di un Servizio può essere preposto un Dirigente, un Quadro direttivo o una figura equivalente.
